生物医学光子学是近年来受到国际生物医学界和光学界关注的一个研究热点。在国际上已经成立了国际生物医学光学学会（International Biomedical Optics Society），简称IBOS。随着生物科技的逐步发展，基于分析的生物医学要求更加灵敏、快速和简便的操作，光子学因为它的非接触性和灵敏简便，具有得天独厚的优势，在组织成像、分子影像、基因测序、生物芯片等多个领域，生物医学光子学新技术、新方法革新性的促进其发展。在未来十年，先进的生物医学光子技术及其应用将为生物医学研究、临床诊断提供全新的技术。
为应对学科发展与产业发展需求，培养相关知识背景的高素质人才势在必行。国际上一些著名高校纷纷开设了与生物医学光子学相关的课程，并开展了生物医学光子学教学体系建设。哈佛大学、麻省理工、加州大学等都把生物医学光子学作为生物医学工程专业的重要组成部分。西安交通大学对生物医学光子学学科的建设高度重视。张镇西教授所领导的科研团队致力于生物医学光子学领域的研究，也是我国最早从事该方向研究的单位，早在1986年就率先开展生物组织光传播特性研究。这时国内尚无专门的生物医学光子学方面的教材，张镇西教授于1999年翻译了《激光与生物组织的相互作用原理及应用》，被国内多所大学作为激光医学或者生物医学光学的研究生教材使用。随后西安交通大学在研究生中开设了光与组织的相互作用课程。2001年，生物医学光子学教育部网上合作研究中心成立，成员单位有华中科技大学、东南大学，西安交通大学、华南师范大学、美国俄勒冈激光医学中心、俄罗斯萨拉托夫州立大学光学系。生物医学光子学作为一个新兴交叉学科，在我国呱呱坠地。
为了给这个新兴学科培养人才，西安交通大学开设生物医学光子学课程，开始主要面向研究生。为了提高本学科的教学质量，张镇西教授组织人员对国外教材进行翻译，先后于2004年和2005年翻译了《分子光子学》和《激光与生物组织的相互作用原理及应用》（第3版）。但由于学科背景的差异，直接翻译的教材在试用后效果不尽人意。为此，我们不得重新编写适合本校学生及本学科特点的教材。2008年，在学校和科学出版社的支持下，张镇西教授主编的《生物医学光子学新技术及应用》问世了。有了专业教材后，在本科生中开设这门课的条件逐步成熟，08-09学年秋季学期开始，西安交通大学在本科大四学生中开设了生物医学光子学。
生物医学光子学虽然是年轻的学科，但其研究却如火如荼，发展一日千里。为了抓住发展机遇，跟上发展节奏，我们总结了过去10余年时间所承担的“生命科学导论”、“光学医用仪器”、“激光与组织相互作用”、“生物物理学”等本科和研究生课程的经验，对课程内容和实验资源进行整合，总结和归纳了一套较为有效和完备的生物医学光子学课程教学方法。课程的理论学习以教材《生物医学光子学新技术及应用》为主（因教学效果不错，该教材于2011年10月28日获西安交通大学第十二届优秀教材二等奖），为配合理论学习，我们开设了光镊等多个生物医学光子学实验，并在教学中组织学生参观高科技企业，探索产学研结合的教学新方法。
为了提高本课程的教学质量，我们多次邀请国外有经验的教授来校进行系列讲座。教师在学习中不仅有助于把握课程内容，而且加深了对课程内容之间关联的理解；学生则通过学习，激发了更强的求知欲及对本学科的学习兴趣。频繁的国际交流与合作，对《生物医学光子学》学科发展及人材培养方面都起到了重要的推动作用。
经过近十年的努力，我校《生物医学光子学》课程建设从无到有，从零散到系统，并正逐步走向成熟。我们相信，在各级职能部门的支持下，在课程组全体教师的共同努力下，本课程将成为省级乃至国家级的精品课程。