西安交通大学生物医学与分子光子学研究中心为“生物医学光子学教育部网上合作研究中心”于2001年4月14日首创了光学网；并在2003年1月12日进行了全面的改版。改版后的网页能够更及时准确的报道生物医学光子学方面的新闻动态以及西安交大生物医学与分子光子学研究中心的最新科研成果，提供了生物医学光子学相关课件的下载和资料检索，并对科研队伍做了简要的介绍，为广大生物医学光子学研究人员提供了一个良好的网上合作交流平台。教育部生物医学光子学网上合作研究中心西安交通大学分部的2004年度十大新闻如下：
1.生物医学与光子学研究室张苏娟、侯振清、杨晔和肖化的各一篇论文被SCI检索，另外，还有候振清、吴红和肖化的各一篇论文被SCI源刊收录。
2.2004年4月，《分子光子学原理及应用》的中文版已经由在科学出版社出版(ISBN 7-03-012724-2)，这是第一本有关分子光子学的专著。中文版译者是西安交通大学生物医学分子光子学实验室的张镇西教授等人。著名教授蒋大宗先生校译了全书，并为本书作序。
3.生物医学与分子光子学研究室申请国家自然科学基金项目开始实施，题为“心脏电活动高分辨光学标测技术的研究”。在读博士生彭年才获得西安交通大学博士论文基金，他的项目名称是“生物污染微生物群荧光能量转换测量及快速分型方法和相关仪器研究”（基金代码为DFXJTU2004-12）。这是继牛金龙、侯振清、张宝琴、张虹、彭年才在读博士生之后，我中心连续第五年获得的博士论文基金。
4.生物医学与分子光子学研究室徐正红、张虹博士于2004年8月30日-9月18日赴德培训，顺利完成了威廉港（德意志联邦共和国北部威廉港市）应用科学大学举办的医疗仪器培训，并取得了优异的成绩。姚翠萍博士生完成了与德国联合培养博士生的研究工作，于2004年11月返校。
5.张镇西教授被聘为《世界医疗器械》编委，并且受邀担任2005年欧洲生物医学光学大会（ECBO)节目委员会委员。
6.张镇西教授作为评委赴厦门参加第四届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛，我中心报送的《瑞科光学医疗仪器有限公司商业计划书》荣获金奖。
7.程元娜博士和Günter Uhr博士和受聘成为我校客座研究员，弗兰克·埃梅里希博士受聘成为我校客座教授。
8.生物医学与分子光子学研究室张苏娟和侯振清博士分别顺利通过博士论文答辩。张镇西教授、侯振清以及牛金龙博士荣获国家发明专利，专利名称是“口服胰岛素纳米材料的制备工艺”。
9.季晓璐同学荣获2004届西安交通大学本科生优秀毕业设计奖，毕业论文题目为《人体心脏刺激仪的研制》
10.西安生命科学与技术学会正式召开第一次会员代表大会，标志着西安生命科学与技术学会正式成立。张镇西当选为理事长。���